2003 yılında, hobi amaçlı olan antivirüs projesi sadece 40 kişilik bir ekip ile başlamıştır. Titiz çalışan bu ekibin amacı Truva atlarını tespit edebilen güçlü bir antivirüs programı yapmaktı. Emsisoft 2003 yıllarının son zamanlarında, Truva atları konusunda artık gerçek zamanlı bir koruma